. تعیین جنسیت از روی مشخصات ظاهری: اولین و ساده ترین مشخصه آشکار آوازخوانی در جنس نر می باشد در حالیکه قناری ماده فاقد این توانایی است. در فصل تولید مثل می توان با نگاهی به دستگاه تناسلی پرنده برخی اختلافات ظاهری را مشاهده کرد که این اختلافات نمایانگر جنس پرنده می باشد. علاوه بر آن جمجمه پرنده نر در قسمت فوقانی کمی پهن تر از جمجمه پرنده ماده می باشد و اگر یک جفت قناری نر و ماده را در مقابل خود گذارده و آنها را با یکدیگر مقایسه کنید خیلی زود متوجه می شوید که رنگ آمیزی بال های پرنده نر، خیلی زیباتر و شفاف تر از رنگ آمیزی بال های پرنده ماده می باشد.
2. تعیین جنسیت از روی سنجش استروئید: استروئیدها در برگیرنده تعدادی از هورمون های جنسی نظیر استروژن و تستوسترون می باشد. هورمون استروژن نشانگر جنس ماده و هورمون تستوسترون نشانگر جنس نر می باشد. در این روش با اخذ نمونه هایی از سرم خون پرنده به تشخیص هورمون های جنسی فوق الذکر در سرم پرداخته و پس از تشخیص هورمون مربوطه جنس پرنده را مشخص مینمایند.
3. تعیین جنسیت از روی کاریوتایپینگ: در این روش اقدام به شناسایی کروموزوم های جنسی می شود. روش ساده و ارزانی است و نتیجه آن بسیار دقیق و قابل اعتماد است اما نیاز به آزمایشگاه تخصصی دارد.
4. تعیین جنسیت از طریق pcr: روش pcr به معنی واکنش زنجیره پلیمراز است. این روش دقیق ترین روش در تعیین جنسیت پرنده می باشد و ضریب صحت آن نزدیک به صد در صد است. در این روش 3 تا 4 پر پرنده را کنده و به آزمایشگاه می فرستند.تعیین جنس قناری با استفاده از این روش، بسیار سریع، دقیق و کم هزینه بوده و در هر دوره از زندگی پرنده می تواند به کار رود.